本館原隸屬於台北市政府教育局，自民國75年納併陽明山中山樓，改隸教育部。民國87年本館徵選產生之舊有館徽，以勾勒本館建築物線條方式呈現。因為時空背景的改變，故興起更新本館館徽的想法。新館徽經館務會議決議，採用本館約僱美術設計謝明容小姐所設計之logo作為新館徽之設計圖像，為力求線條之平整並訂定標準色系及配色，委由專業繪圖人員重新修圖。新館徽為強調館所合一的概念，增強本館及中山樓之整體行銷意象，加入本館所轄陽明山中山樓之樓景，仍以建築物外貌為設計主軸。因兩館樓線條均頗複雜，為求視覺上有所區別，中山樓色彩採用鮮綠色，取其座落青翠山嶺中之意；國父紀念館則延用建築物屋頂之洛黃色，兩者均以反白處理。
為傳達兩館所間緊密之關係，我們以圓形代表地球，具整合兩個建築式樣之用意，此外加上藍、紅兩道弧線，此紅、白、藍三色與國旗的顏色一致，象徵著懷抱青天、白日、滿地紅的意義，也正是 國父孫中山先生所提倡之自由、平等、博愛的精神象徵。透過館徽的重新設計與製作，期望能賦予宏揚中山先生「族群融合」、「天下為公」、「世界大同」的理想。
新館徽產生後，新舊館徽並用。惟定期發行且連續性之刊物（如館刊）已使用舊館徽者；為避免讀者混淆，仍沿用舊館徽，其後凡製作紀念品及發行刊物，則一律使用新館徽，強調館所合一，共同發揮社教機構之功能。
貳、設計圖樣
